گرچه ایلنا از قول سیدمحمود علیزاده طباطبایی، وکیل رییس بنیاد باران، این خبر را تکذیب کرده اما خبرگزاری فارس در توضیح علت ممنوع الخروج آقای خاتمی نوشت که "این مسئول وزارت اطلاعات تاکید کرده است که خاتمی اخیرا قصد خروج از کشور را داشت."

در همین راستا بود که چندی پیش روزنامه عربی"الجزیره" مدعی شد که "اعترافات اخیر محمد علی ابطحی از چهره‌های شاخص جریان اصلاحات و از دستگیر شدگان حوادث اخیر تهران، سید محمد خاتمی را به فکر پناهنده شدن به یک کشور اروپایی انداخته است."

هرچند خبر این روزنامه پس از مدتی تکذیب شد اما الجزیره در ادامه عنوان کرد بود که خاتمی قصد دارد با هدف تشکیل جبهه‌ای متشکل از جریان های سیاسی مخالف دولت و حکومت ایران راهی یکی از کشورهای اروپایی شود.

ناظران سیاسی معتقدند که ایستادگی رئیس بنیاد باران و دیگر سران اصلاحات در برابر "رای مردم" و "قانون" که منجر به حذف آنان از آینده سیاسی کشور شده است، می تواند به عنوان دلایلی برای خروج آقای خاتمی از کشور مطرح شود.

علاوه بر این آنچنان که ترقی، مسئول امور بین الملل حزب موتلفه اسلامی به شبکه ایران گفت، حذف سران اصلاحات از آینده سیاسی کشور، پایان کار نیست و دستگاه قضا باید به خساراتی که آنان به مردم و نظام زده اند، رسیدگی کند.

به همین دلیل، ورود دستگاه قضایی و اجرای قانون درباره آقای خاتمی هم، به عنوان دیگر موضوع مرتبط با ممنوع الخروج مطرح شده است.